Strana byla založena 9. prosince 1989, téměř patnáct let ale fungovala bez vlivu na politiku či společnost. To se trochu změnilo v roce 2003 a výrazněji v roce 2005.
Do té doby měla strana kolem tisícovky členů, ve volbách buď kandidovala s jiným hnutím (v roce 1992 v rámci Liberálně-sociální unie), nekandidovala vůbec ( v roce 1996 nesložila volební kauci), nebo získala minimální podporu (1,12 procenta ve volbách v roce 1998 a 2,36 procenta ve volbách v roce 2002)
Průzkumy s ní v těchto letech nepočítaly a vědělo o ní maximálně několik nadšenců. Za volby v roce 2002 ale strana, která do té doby sháněla s úsilím každou korunu, dostala příspěvek od státu za odevzdané hlasy 11 miliónů.
Peníze ale situaci nevyřešily. Z účtu zmizelo šest miliónů korun a policie účty strany zmrazila. Ukázalo se, že sumu převedl jeden z místopředsedů, který nesouhlasil s novou generací, která do strany přišla a hrozilo, že vedení převezme.
Stalo se tak těsně před sjezdem strany. Na něm se nakonec prosadili lidé z řad ekologických aktivistů spojených s hnutím Duha typu Jakuba Patočky nebo Jana Beránka, které podpořily i veřejně známé osobnosti. Beránek byl na sjezdu zvolen předsedou strany.
O rok později se strana stala členkou Evropské strany zelených.
Ani duo Beránek-Patočka nebylo tím, kdo stranu dovedl k hmatatelnému úspěchu - tedy poslaneckým či senátorským mandátům. Dvojice prosazovala politiku, která se hodně členům nezamlouvala. Byli prý příliš radikální, příliš levicoví a neveřili, že strana má sama ve volbách šanci. Beránek přesto vedení těsně obhájil v roce 2004.
Bývalý předseda Strany zelených Jan Beránek (vlevo) a někdejší nejvýraznější osobnost strany Jakub Patočka
Foto: Novinky, Právo
BURSÍK
Hned následující rok ale dali členové aktivistům sbohem a do čela si zvolili člověka se zkušenostmi z politiky - Martina Bursíka. Ten už předtím působil ve vládě Josefa Tošovského na postu ministra životního prostředí a ve volbě byl jediným kandidátem.
S Martinem Bursíkem v čele zaznamenal strany rychlý vzestup. O straně se začalo mluvit a ve volebních průzkumech dostala v únoru 2006 poprvé přes pět procent. Fakt, že by se dostala do Sněmovny přiváděl další potenciální voliče. Ke straně se začali přiklánět především mladí nerozhodnutí voliči.
Strana na sebe upozornila i těsně před volbami, kdy se její členka Kateřina Jacques účastnila prvomájové demonstrace a tvrdě proti ní zasáhl policista Tomáš Čermák.
Ačkoli někteří chování Jacques na deomostraci kritizovali, jedno je jisté - stranu to zviditelnilo.
V červnových volbách získala 6,29 procenta hlasů a šest poslanců a nejen to, po dlouhých domluvách se účastnila vlády Mirka Topolánka a dostala tři ministerská křesla.
Strana ale byla dál rozhádaná, část jí nesouhlasila s účastí ve vládě, v níž musela ustoupit z některých ze svých požadavků - ekologie nebyla prioritou ani dominantní ODS ani KDU-ČSL.
Tyto spory nakonec stranu rozložily. Levicověji se orientovalo křídlo, k němuž se připojila Dana Kuchtová a vehementně ho prosazoval mladíček Matěj Stropnický. K rebelům, kteří vystupovali především proti omezení pravomocí republikové rady, které chtělo prosadit vedení strany, se přidaly i poslankyně Olga Zubová a Věra Jakubková.
Bursíkovi vadilo, že rada je de facto druhým vedením strany a chtěl ji přetvořit na „širší“ vedení, tak jako to funguje u jiných stran.
Křídlo ale rebelovalo jen krátce. Na sjezdu strany v září 2008 byl s velkou převahou předsedou opět zvolen Bursík a opozice proti němu byla vytlačena z vedení strany i z kritizované republikové rady.
Rebelové založili frakci s názvem Demokratická výzva a vystupovali proti straně. Ve Sněmovně zelení nehlasovali jednotně a zásadní je fakt, že Zubová s Jakubkovou pomohly k pádu Topolánkovy vlády, v níž zelení byli.
V září 2009 byly ze strany vyloučeny.
Otřesy nepřežil ani sám Bursík, po neúspěšných volbách do Evropského parlamentu v červnu 2009 rezignoval. Stranu dočasně vedl tehdejší ministr školství v demisi Ondřej Liška. V prosinci 2009 byl na sjezdu ve funkci řádně potvrzen. Proti němu se pokoušel kandidovat Stropnický, ale neuspěl. Zelení tak stále drží linku, se kterou v roce 2005 Bursík přišel.
Počátkem roku 2010 zelený ministr MŽP Dusík rezignoval na protest proti tomu, že prý údajně česká uhelná elektrárna Prunéřov spolu-způsobí svými emisemi světovou potopu a zaplaví Mikronésii.
Ve volbách v květnu 2010 se Zelení už do sněmovny nedostali.
Hříchy strany Zelených:
-podpora biopaliv
-podpora primitivní fotovoltaiky (tj. zdražování elektřiny)
-blokování rozvoje jaderné energetiky
-podpora klimatismu